Harmonia jazzu Free jawiła się na wielu płaszczyznach będących odzwierciedleniem indywidualnych poszukiwań wykonawców dążących najczęściej do uniezależnienia się od systemu tonalnego. Usunięcie prymy z akordu majorowego z dodaną sekstą wielką i noną wielką powoduje powstanie akordu kwartowego, który w okresie Fee stał się często używanym środkiem harmonicznym (przykłady 38 i 39).
Systemem łączącycm poszczególnych muzyków była czasami modalność lub polimodalność. Muzycy ustalali materiał dźwiękowy przed rozpoczęciem utworu. Materiał ten mógł składać się z modusu lub kilku modi stanowiących punkt wyjścia dla skalowłaściwego akompaniamentu lub improwizacji .
Free jazz czerpał sporo z azjatyckich i afrykańskich kultur muzycznych wykorzystując indyjskie ragi lub afrykańskie melodie penta-, heksa-, czy heptatoniczne.
Harmonia Free wykorzystywała wiele bogatych w możliwości brzmieniowo klasterów.
Dążenie do uniezależnienia się od harmoniki systemu dr-moll wyrażało się poprzez stosowanie techniki politonalne.
Free wykorzystywał nadal (głównie w cytatach) utarte schematy harmoniczne, robił to jednak w sposób ironiczny, podkreślając swój dystans do tradycji.
Najbardziej charakterystycznym była harmonia swobodna, nieskrępowana założeniami i regułami, tworzona spontanicznie, preferująca brzmienie akordów, korzystająca ze wszystkich, nawet najbardziej wyrafinowanych środków harmoniki europejskiej.